夕，章太炎就已着手修改《訄书》。钱玄同在1909年9月21日
日记里记载：“章师近改订《訄书》，取集中诸文复多加入。惟余意周秦诸子固即为其人之集，但古人交通事少，书札往来乃极罕事，又为人作序及长篇之信辞亦未有，故与人言语均可入子。后人事多于古，似宜分开，以发表意见者为子，而其他著作皆入集部，似为妥洽。”两个月以后，他又在日记中谈道：“至师处还集，师言《訄书》拟改过，将集中诸信札说理之文入之，更名曰《检论》云。集中说小学之文另行归开，此外，如传、序等等无可归类之文，则入集。”现存于北京国家图书馆
册章太炎手改本《訄书》，其中目录显示，章太炎确曾计划将1906年以来所写文章与信函加入书中，如致王鹤鸣、刘师培、刘揆等人书札，这与钱玄同在日记中所言相符。但后来出版《检论》，从篇目上看并无书札，皆为就某专题展开讨论文章，征之以钱玄同在日记中所谈文集体例，极有可能情况是，他曾当面向章太炎提及自己想法，最终影响到后者决定在《检论》中不收书札。
相比于1909年，章太炎在被袁世凯监禁期间对《訄书》进行
较大幅度修改。包括删掉些在他看来已经意义不大，或者观点已经改变文章，增加些他在辛亥g,m之后，尤其是在被袁世凯监禁期间写文章，对些保留篇目进行改写，其中既涉及增加内容，也涉及观点变化。这次修改版本《检论》，堪称章太炎学术思想总结之作。该书卷收录《原人》《原变》《序种姓上下》，章太炎将这些文章置于开篇，意在凸显他对于人类社会进化与生存状况变迁总体认识。些论著常以他发表于清末《俱分进化论》为例，宣称章太炎此后不再信奉进化论。但从《检论》卷篇目可以很清楚看到，在对于人类社会基本认识上，他依然秉持进化论观点，强调如果不能在竞争之世不断完善自
，那
很可能会退化或者被消灭。
《检论》卷二专门讨论经学。他基于以史视经立场，将古代经书视为史书，强调其意义在于记载中国古代历史流变，使中国文化具有重视历史、重视实践、重视人本身价值特点。比如他认为《周易》“记人事迁化，不越其绳，前事不忘，故损益可知也”。其中卦辞并非迷信之语，而是记录古代国家起源与社会制度形成，从中可以考察古人从信鬼神到人文化成变化过程，其性质类似人类社会发展史。对于《尚书》，章太炎承认它经过孔子整理与删改，但孔子秉持标准
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