弟姐妹
样，基因只有50%相同。通过简单
计算即可得出人们之间差异多大程度是由基因决定：这称为遗传力（heritability）。
们收集
双胞胎少量粪便样本，冷冻后发给在康奈尔大学工作露丝·雷。她和团队提取其中DNA，分析具有高度变异性16S基因（前面曾提到）序列，区分不同菌种。在明确每个人体内几千种主要细菌比例后，研究人员进行比较。她们发现任何两个人体内细菌都不怎
相似——种类多样得令人惊叹。大体上看，即使是同卵双胞胎也只有50%多细菌种类相同，普通人有40%相同。
当们把细菌按门（phyla）分类后，才发现其中规律。尽管对于许多主要种类细菌比如拟杆菌（Bacteroidetes）来说，饮食和环境起主导作用，但是些影响饮食、肥胖和疾病细菌亚组，例如乳酸菌和双歧杆菌，也受到遗传因素影响。不过这种影响只占部分，超过60%仍然由环境决定。[85]
这结果让许多该领域科学家感到意外。这意味着在肠道内蓬勃繁殖细菌数量和种类部分是由基因决定——这有点像特定花草灌木喜好特定类型土壤。这可以解释现有几种益生菌为什只对有些人有效。只有研发出更多种类益生菌和更有效送达肠道方式，含有益生菌和促进细菌生长成分健康食品才能更好地发挥作用，而不是指望添加有限几种细菌。
和美国国立卫生研究院（USNationalInstituteofHealth，NIH）马里奥·勒德雷尔合作（MarioRoederer），以1000对双胞胎为研究对象，们检测位于肠道和血液中、与微生物进行信息传导免疫细胞——调节性T细胞（T-regulatorycells）。结果发现它们主要由基因决定，在不同人身上变异较大。[86]可以这样说，基因部分决定哪些微生物会在肠道蓬勃生长，免疫系统又会如何反应。
所以，基因表达并不是像以往认为那样，成不变，而是像调光钮样，可以增强或削弱。通过这“后生过程”（epigeneticprocess），人类得以适应新环境和饮食。也是通过这过程，人类与体内微生物实现信息传导，而微生物通过激活或者沉默基因表达影响们生理功能。随着时间流逝，饮食（或说饮食中微生物）慢慢改变基因表达，使肠道环境（生长土壤）变得更适宜，越来越多样微生物于是得以定居
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