朝局因此渐渐走向平庸昏乱。在曾国藩“剿”捻期间，慈禧经常瞎指挥。曾国藩在与友人
书信中，更以治病求医为喻，对此痛下针砭：
夫未病之时，桓公遇扁鹊，弗之信也。既病之后，又委诸庸医，施治失序，针药杂试，攻伐溃乱，乃别求
新医而试之。则疗治之疾徐甘苦，宜听新医家主张，而他人不得道谋。乃病家之妇孺臧获，竟欲掉舌伸指，指麾新医，使听命焉。虽俞、扁亦难为功，况智识短浅不如俞、扁者乎？(87)
信中之“新医”，乃曾国藩自况，而病家之指手画脚“妇孺臧获”，则影射太后、小皇帝与其周围奴才们，厌烦之情，溢于言表。慈禧小政变之后，曾国藩对她直
廷寄责备七次。同治五年（1866）八月二十六日，他在日记中说：
接奉廷寄，有御史参劾之章，为不怿者久之。(83)
曾国藩在朝廷和捻军双重压力下，身体每况愈下(84)，以至“病盗汗舌蹇之症”加剧。他感觉自己个人不能支撑，遂决定调学生李鸿章前来做自己助手。他奏请朝廷饬李鸿章驻扎徐州，负责东路，他自己则主控大局，仍然驻扎周家口，以当中路。(85)
然而他没想到，朝廷竟然因此脑筋急转弯，计划让李鸿章来取代他。不久之后，曾国藩接到寄谕，令曾国藩在营调理月，病愈后进京陛见次，钦差大臣关防暂由李鸿章署理。
这实际上是让曾国藩把兵权交给李鸿章。这颇出曾国藩意料。
如前所述，河防大方向是对，虽然初次遭到失败，但只是具体地段上防守不力所致，并不是防河之策本身错误造成。他需要只是时间。
但是清z.府却不给曾国藩足够时间。这个决定，是慈禧做出。朝廷现在已经不是慈禧和恭亲王联合主政，而变成慈禧个人专政。
原来同治四年（1865）三月，就在曾国藩出征前不久，慈禧在朝中发起
场“小政变”：她亲拟诏旨，革去恭亲王奕议政王和其他切差使。
祺祥政变之初，慈禧没有自己势力，也不熟悉政务，所以把国家大事几乎全权委托给奕。奕明敏有才，因此军事大事布置得井井有条，出现同治中兴大好局面。然而慈禧翅膀硬之后，压抑不住争权夺势本能，故有此举。
慈禧此举扭转祺祥政变以来蒸蒸日上步入正轨朝局。后来虽恢复奕首席军机大臣职务，但议政王称号却从此取消，再也没有恢复。“尤为重要是，经过这次打击，奕在那拉氏面前完全屈服下来，处处谨慎，遇事模棱，不敢轻易表示异同，在统治阶级中威望和影响也渐趋衰微。”(86)
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