。从无生命
物体变成有生命物体，从细菌变为草木，从低等生物变成高等生物，变成猴子，最后再变成人，这是自然界发展过程。
章太炎指出，正是由于人是从动物进化而来，那
人和人之间为什要建立道德规范，为什要形成复杂社会组织，也就不需要靠谭嗣同笔下“以太”来证明。人之所以能够进化为人，人类社会之所以形成，是因为人在长期生产实践中智力越来越发达，为
更好地在自然界生存而形成团体。人们为维系团体，需要有
套道德规范，各种文教活动也就随之而生。据此，章太炎引入荀子思想，认为根据进化原理，讲求“合群名分”之道至为关键，这样才能“御他族之辱”。如果个团体变得“涣志离德”，那就会“帅天下而路”，使团体涣散。这样，章太炎就将此人类进化理论与救亡图存思想相结合，强调要重视后天教育，使人们素质不断提高，同时着力于政治与社会组织建设和完善，这样才能更好地实现“合群名分”。此外，还要培养人们“爱类”观念，使人们认识到“仁民爱物”重要性。可见，相比于谭嗣同简单地借用近代自然科学概念构建自己思想体系，章太炎这些观点体现出他对于近代自然科学与社会科学有更为全面认识，能将自然界生物进化规律、人物质属性与社会属性、社会组织和社会道德生成过程结合起来进行理性考察，尽可能地祛除其中神秘主义因素与不可知论。就此而言，虽然《菌说》等文章遣词造句异常古奥，但其中思想见识却是十分现代。
这时期章太炎从事另重要学术工作就是在1899年下半年至1900年初将自己发表文章修改结集为《訄书》（初刻本《訄书》）。“訄”意思是逼迫、紧迫。章太炎以此字命名自己著作，就是想强调自己这些文章都是在危急时代环境里不得不发之言，体现出强烈忧患意识。这本书主要包括讨论中国历代学术得失、运用近代自然科学与社会科学知识来分析人类社会形态、具体探讨中国政治与社会改革诸议题等内容，其中不少文章曾经在报刊上发表，在收录于书中时，章太炎又进行些修改。因此，这本书可视为章太炎从甲午到庚子思想个总结。他曾托好友夏曾佑居间介绍，将《訄书》与《儒术真论》送给以翻译《天演论》而名扬士林严复，希望能得到后者批评。由此可见，此时章太炎对严复思想颇为认同。
也正是受到严复介绍进化论影响，在该书《原变》篇里，章太炎认为“物苟有志，强力以与天地竞，
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