“先痘死者十之四”，即因传染病死者十分之四，“继窜入俄罗斯、哈萨克者十之二”，最后“歼于大兵者十之三”。除
妇女、小孩被掠走当奴隶之外，准噶尔蒙古所剩无几，作为
个大部落已经不复存在。“数千里间无瓦剌帐篷”。
噶班沙拉勃在《四卫拉特史》中这样记载屠杀过后
场面：“准噶尔地区几经兵火，残破不堪。耕地、牧场荒废，城镇、村庄被毁，人口更是急骤减少。”很多年以后，龚自珍途经准噶尔，看见“准噶尔故壤，故库尔喀喇乌苏，若塔尔巴噶台，若巴尔库勒，若乌鲁木齐，若伊犁东路西路，无庐帐，是阿鲁台（即额鲁特，指准噶尔——笔者注）故种者。”（龚自珍《上镇守吐鲁番领队大臣宝公书》）
为填补准部留下土地，乾隆从各地迁移人口。其中有吉尔吉斯人、哈萨克人，有蒙古部落喀尔喀人、察哈尔人，有穆斯林东干人，甚至还有来自满洲锡伯人和高丽人。十多年之后，土尔扈特部落回归中国，也被安置在这片由于自己兄弟部落被灭绝而空出来土地上。
乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷手腕。
有清代，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是种取巧方便办法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那
数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢。”（《御制喇嘛说》）
从这段谕旨看，乾隆对喇嘛教是不屑顾。但是，终乾隆朝，皇帝对黄教领袖，直极尽尊崇之能事。他把父亲故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教尊崇。他对达赖和班禅提高礼遇规格。为迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建座规模宏大庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中座殿宇顶部镀金，就花去黄金万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德接待更是不计成本，优隆备至。
之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬人而千万悦”。他高屋建瓴，进步树立达赖喇嘛权威，由此拥有确认转世活佛和任命高级教长权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
但是，对于伊斯兰教，乾隆采取完全不同做法。他深知这宗教进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教旦实现政教合，必然爆发强大扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯
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