迟处死，四子处斩。李令皙
幼子刚十六岁，法司见杀得人多，心肠软
，命他减供
岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。那少年道：“
爹爹哥哥都死，也不愿独生。”终于不肯易供，并处斩。松魁，朱昌柞入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安，乌程两名学官处斩。因此案牵连，冤枉而死人亦死不计其数。湖洲知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕，训导王兆祯同处绞刑。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白场，逐出门来，当下向办理此案法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”，这朱氏便是朱佑明，又说他名字”朱佑明“，显是心存前明，诅咒本朝。这样来，朱佑明和他五个儿子同处斩首，朱家十余万财产，清廷下令都赏给吴之荣。
最惭是，所有雕版刻工，印书印工，装订钉工，以及书贾，书铺主人，卖书店员，买书读者，查明后尽皆处斩。据史载，其时苏州浒墅关有个榷货主事李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有部新刊明史，内容很好，派个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁家姓朱老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。李尚白读几卷，也不以为意。过几个月，案子发作，直查究到各处贩书买书之人。其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。书店主人和奉命买书工役斩首。连那隔壁姓朱老者也受牵连，说他即知那人来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐？本因斩首，姑念年逾七十，免死，和妻子充军边远之处。
至于江南名士，因庄廷珑慕其大名，在书中列名参校者，同日凌迟处死，计有茅元锡等十四人。所谓凌迟处死，乃是刀刀，将其全身肢体肌肉慢慢切割下来，直到犯人受尽痛苦，方才处死。因这部书而家破人亡，当真难以计数。
吕留良等三人得到消息，愤恨难当，切齿痛骂。黄宗羲道：“伊璜先生列名参校，这会也怕难逃此劫。”
他三人和查伊璜向来交好，都十分挂念。
这日舟至嘉兴，顾炎武在城中买份邸报，上面详列明史案中获罪诸人姓名。却见上谕中有句说：“查继佐，范骧，陆坼三人，虽列名参校，然事先未见其书，免罪不究。”顾炎武将邸报拿到舟中，和黄宗羲，吕留良三人同阅，啧啧称奇。
黄宗羲道：“此事必是大力将军所为。“吕留良道：“大力将军是谁？到要请教。“黄宗羲道：“两年之前，兄弟到伊璜先生家
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