堪
政局，他对现实政治感到越来越失望，于是开始将更多精力投入学术研究当中。他主动求教于正被袁世凯囚禁在北京钱粮胡同章太炎，多次登门拜访，与章太炎讨论经学、小学与哲学问题，吴承仕把章太炎讲述内容加以笔录整理，形成《菿汉微言》
书。这本书意义与《检论》相似，都是章太炎对自己学术思想总结。
在这本书里，章太炎总结并补充在《齐物论释》等哲学论著里提出观点，尤其是进步完善齐物哲学内容。他认为：
《齐物》篇，内以疏观万物，持阅众甫，破名相之封执，等酸咸于味；外以治国保民，不立中德，论有正负，无异门之釁，人无愚智，尽曲之用，所谓衣养万物，而不为主者也。远西工宰亦粗，明其指彼是之论，异同之党，正乏为用，撄宁而相成，云行雨施而天下平。故《齐物论》者，内外之鸿宝也。
齐物之旨，应用甚广。章太炎主张在学术研究上也需秉持齐物之道看待各类学派，即“学术无大小，所贵在成条贯制割”。无论是旨在求是之学，还是旨在致用之学，只要能言之成理，有所见地，都应以平等眼光对待，不必强分彼此，妄判高下。因此，章太炎在书中经常批判些专以己意衡量裁断切做法，比如朱熹虽学术成就极大，但弊端在于“以天理人欲为不并立，内以持躬，固足寡过，外以莅政，即不能以百姓心为心”。总之，“以道莅天下者，贵乎微眇玄深，不排异己。不知其说而提倡类之学，鼓舞泰甚，虽善道亦以滋败”。而齐物哲学在政治上表现则是以百姓心为心。章太炎指出：“王夷甫（王衍）重老子，知其无为，不知其无不为。王介甫（王安石）重老子，并知申韩之法，亦出于是矣。殊途同归，俱用败亡者，何哉？不知以百姓心为心也。”忘记
这点，念之差，反而会误用所学。当然，面对现实中国，他颇为悲观地说道：“中国民志之弱，民德之衰久矣，欲令富强如汉唐，文明如欧美者，此正夸父逐日之见，吾辈处之正，能上如北宋，次如东晋耳。”因此，为政之道当“以循常守法为先”。
在《菿汉微言》结尾，章太炎较为详细地回顾自己学术经历。他说自己青年时代谨守清代汉学家法，服膺荀子与韩非经世致用之道。在因苏报案而坐牢期间，为排遣烦恼，广泛阅读佛学著作。1906年东渡日本，论政之余，常取西方哲学著作观之。在向留日青年学生讲学时，又系统温习遍历代小学著作。最终他意识到庄子齐物思想是沟通、升华各类学术与古今政俗重要枢纽，不但可以凭此吸收佛
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