凿附会之处。而对于这种治学方法
流弊，章太炎指出：
就廖氏之说以推之，安知孔子之言与事，非孟、荀、汉儒所造耶？孟、荀、汉儒书，非亦刘歆所造耶？邓析之杀求尸者，其谋如此；及教得尸者，其谋如彼。智计之士，
身而备输、墨攻守之具，若好奇爱博，则纵横错出，自为解驳可也。彼古文既为刘歆所造，安知今文非亦刘歆所造以自矜其多能如邓析之为耶？而《移让博士书》，安知非亦寓言耶？然则虽谓兰台历史，无语可以征信，尽如蔚宗之传王乔者亦可矣。而刘歆之有无，亦尚不可知也。
在章太炎看来，如果为
宣传政治主张而无视历代学术流变、任意质疑古书与古史真实性，将会造成很不好影响，使人觉得中国古代没有信史可言。而旦形成这样认识，中国文化根基也就被动摇，这不但会造成学术研究上混乱，还会危及中国人政治与文化认同。在这个意义上，如果说政治变革是近代中国所必须面对时代课题话，那
这种变革绝不能建立在粗疏简陋学术基础之上。后来章太炎在提出政治主张时，往往要从历史角度追溯其流变，并从哲学角度论证其合理性与必然性，这在某种程度上可视为他深思熟虑、立言谨严表现。而从历史发展进程来看，恰恰是康有为如此这般处理方式，开启为宣扬特定政治与文化诉求而任意质疑、否定古史记载先河。不过，在这篇文章里，章太炎依然强调自己只是在讨论学术问题，而非由此来否定变法运动，强调自己与那些借反对康有为学术主张来抨击变法者绝非类人。
除对康有为经学主张进行商榷，章太炎在当时还从哲学层面回应、批评康党思想，特别是谭嗣同《仁学》。当谭嗣同被捕遇害后，梁启超开始在他主持《清议报》上连载谭嗣同遗作《仁学》，并撰文表彰谭嗣同事迹与品格。通过报刊传播，时间谭嗣同在当时青年知识分子眼中象征着锐意改革、勇猛无畏。谭嗣同在《仁学》书里，运用“以太”这概念，构建起从个人“心力”出发，终至彰显“仁”之普遍性理想社会图景。其中，具有神秘主义特征“以太”是贯穿于万事万物关键。这个概念在19世纪物理学领域主要用于解释电磁波生成与运动。但在谭嗣同那里，“以太”可以脱离具体物质实体而存在，能够超越时间与空间，有灵魂、有意识。早在1897年，章太炎就在宋恕那里读到谭嗣同《仁学》抄稿，但他觉得此书内容比较杂糅，因此评价不高。1898年，孙宝瑄也多次在日记里记载章太炎对《仁学
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