后不久，他正和玻姆走在拿骚街上时，奥本海默从
家理发店里走
出来。虽然奥本海默多年未见洛马尼茨，但他们直保持着联系。1945年秋，他写信给洛马尼茨：“亲爱
洛马尼茨：
很高兴收到你长信，但信内容让人非常难过。如果你回美国，有空时候请来找……这是段艰难时期，对你来说尤为如此，但请坚持住——不会直这样下去。致以温暖、美好祝愿，奥比。”在与奥本海默寒暄之后，玻姆和洛马尼茨解释他们困境。据洛马尼茨说，奥本海默变得激动起来，突然喊道：“哦，老天，这下全完。非美活动调查委员会里有联邦调查局人。”洛马尼茨认为这简直是“妄想症”。
但是奥本海默担心并非多余，他也收到在非美活动调查委员会作证传票，他还碰巧知道该委员会名成员——伊利诺伊州国会议员哈罗德·维尔德确实是联邦调查局前特工，二战时他曾在伯克利调查过辐射实验室。
后来谈到这次与自己学生邂逅时，奥本海默说他们不过就聊两分钟而已。他说他只是建议他们“说实话”，而他们回应是“们不会撒谎”。最终，玻姆先后于1949年5月和6月两次在非美活动调查委员会作证。他律师是赫赫有名公民自由律师克利福德·杜尔，在杜尔建议下，玻姆引用《宪法第修正案》和《宪法第五修正案》，表示拒绝合作。当时，他任教普林斯顿大学发表份声明支持玻姆。
1949年6月7日，奥本海默出席非美活动调查委员会闭门会议，共有6名国会议员对他进行质询，其中包括众议员理查德·M.尼克松（当时他是加州共和党众议员）。表面上，奥本海默是以原子能委员会总顾问委员会主席身份出席会议，但这些冷酷国会议员对核武器政策并不感兴趣，他们只关心核间谍问题。尽管奥本海默有些担心自己处境，但他不想表现得心存戒备，于是他决定不带私人律师出席。相反，他带来约瑟夫·沃尔普，还专门提到沃尔普身份是原子能委员会总法律顾问。在接下来两个小时里，奥本海默表现得既配合又坦率。
非美活动调查委员会律师首先声明，委员会并不是想要他难堪。可是他们第个问题就是：“你知道辐射实验室些科学家组成个**党小组，对吗？”奥本海默说自己对此无所知。然后他们要奥本海默谈谈他那些学生政治活动和立场。他否认在战前就知道温伯格是**党员。“战争结束后他在伯克利，”奥本海默说，“当时他所持观点肯定不是**党立场
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